Studenti
Non è un vero e proprio grado ninja, ma piuttosto il punto di partenza per tutti; infatti gli studenti presso l'Accademia non sono considerati ninja fino al loro diploma. Agli studenti vengono insegnate le tecniche basilari: l'uso delle armi, come kunai e shuriken, ed alcune arti magiche elementari, come le tecniche della trasformazione, della moltiplicazione e della sostituzione. Gli studenti imparano inoltre ad impastare il loro chakra. Dopo il diploma, gli studenti ricevono un coprifronte metallico con su inciso il simbolo del loro villaggio. In alcuni casi, come nel Villaggio della Foglia, è richiesto un esame aggiuntivo sostenuto in gruppi da tre. L'esaminatore ha il maestro Jonin assegnato a ciascun gruppo, e nel caso di Kakashi consiste nel riuscire a prendere due campanelli che il ninja porta agganciati al fianco sinistro. Chi fallisce il test viene mandato nuovamente all'Accademia. La prova finale per il diploma varia da villaggio a villaggio. Presso la Foglia, l'esame consiste in una prova scritta e nell'esecuzione di una tecnica scelta dal maestro ninja. Al Villaggio della Nebbia, per parecchio tempo è stato un duello all'ultimo sangue fra gli studenti, ma questo tipo di esame venne eliminato dopo che un ragazzino, Zabuza Momochi, uccise oltre cento suoi compagni di Accademia.
Genin
Quello di Genin (lett. ninja di basso grado) è il livello più basso fra i ninja, e quello che presenta la maggior disparità di forza tra i vari elementi. Dopo la promozione all'Accademia, tutti i ninja diventano Genin, e vengono inviati a compiere generalmente missioni di livello D, il più basso, praticamente del tutto prive di rischi, o, più raramente, di livello C, in cui c'è tuttavia una possibilità molto bassa di incontrare ninja nemici. Recentemente, a causa dell'attacco subito dalla Foglia da parte dei villaggi della Sabbia e del Suono, i Genin più abili sono inviati anche a compiere missioni di livello superiore al C. Un esempio palese è appunto quello di naruto che a causa dell allenamento con jiraya non ha effettuato gli esami ma effettua missioni molto complicate.
I Genin sono inseriti in gruppi di quattro persone, composti da tre di loro e un maestro Jonin, allo scopo di fargli fare esperienza e di accrescere le loro abilità. La formazione dei team si basa sulle abilità individuale dei ninja, in modo da bilanciare le forze delle varie squadre. Ad esempio Naruto, il ragazzo diplomatosi con il voto più basso, fu messo nella stessa squadra di Sasuke, quello con i voti più alti, e con Sakura, la ragazza più abile nella teoria.
Chunin
I Chūnin (lett. ninja di mezzo) sono ninja adatti al comando. Alcuni di loro sono maestri all'Accademia, come Iruka Umino, mentre altri, come Shikamaru Nara, sono i capisquadra di piccoli team. Generalmente ai Chunin sono assegnate missioni di livello C o di livello B.
Jonin
I Jonin (lett. ninja di alto livello) sono generalmente ninja di grande abilità individuale, che svolgono il ruolo di capitani. Sono inviati spesso nelle missioni di livello A, ma anche in quelle di livello S, ovvero le più complesse. Alcune volte devono far parte di un team a quattro con tre Genin, e fare da maestri. Non si sa ancora come si diventi Jonin.
Jonin Speciali
I Jonin speciali (lett. Ninja speciali di alto livello) sono allo stesso livello dei Jonin, ma sono ninja specializzati in una particolare area militare. Sono spesso assegnati nei gruppi comandati da Jonin veri e propri quando ce n'è bisogno, oppure sono a capo di squadre speciali.
Un esempio di Jonin speciale è Ibiki Morino; egli conosce alla perfezione il funzionamento della psiche umana, ed è specializzato negli interrogatori. Un altro elemento è Kantaro, specializzato nell'insegnamento a giovani non ancora Genin. Altri jonin speciali sono i membri della squadra esaminatrice, che si occupano di valutare gli esami di selezione chunin. Nel villaggio della foglia fanno parte di questa squadra Ibiki Morino, anche capo della squadra interrogatori, Anko Mitarashi, ex allieva di Orochimaru, Hayate Gekko e Genma Shiranui.
Livello S
Sono ninja che hanno una forza molto al di sopra di quella dei normali Jonin. Il livello S non è un grado vero e proprio; il loro grado ufficiale rimane infatti quello di Jonin, o addirittura può essere anche inferiore. Questi ninja spesso non fanno nemmeno parte degli effettivi di un villaggio, come nel caso di Jiraiya o di Tsunade prima di diventare Hokage. Spesso ninja di questo livello decidono di abbandonare il loro villaggio, e diventano Ninja traditori. Ad esempio l'organizzazione Alba dovrebbe essere composta interamente da ninja traditori di classe S.
I ninja di questo livello sono molto noti, e portano spesso dei soprannomi dati loro da alleati o nemici. Un gruppo di ninja che si è guadagnato il titolo di Ninja leggendari era quello formato da Jiraiya, noto come "Eremita dei Rospi", Orochimaru e Tsunade, soprannominata la "Leggendaria Babbea", a causa della sua incapacità di vincere le scommesse, o la "Signora delle Lumache della Foglia". Altri ninja di livello S erano il Quarto Hokage, conosciuto come il "Lampo Giallo della Foglia", Sakumo Hatake padre di Kakashi , noto come "Zanna Bianca della Foglia". Anche l'anziana burattinaia della Sabbia,Chiyo,può essere considerata di livello S. Riferendoci alla citazione di Kakashi che afferma che Naruto sia arrivato al suo stesso livello si puo supporre che anche naruto sia arrivato al livello S anche se il suo grado è genin.
Kage
Coloro che hanno ricevuto il titolo di Kage (lett. Ombra) sono i capi dei cinque villaggi più potenti del mondo di Naruto, e sono generalmente i ninja più forti del loro Villaggio, anche se a volte possono essere superati da altri ninja più giovani.
Un Kage si può ritirare e lasciare il suo titolo a qualcun altro; in caso contrario, un ninja rimane Kage fino alla sua morte. In seguito è il Consiglio del Villaggio a nominare il suo successore. Il titolo in genere viene assegnato a persone che hanno un legame di parentela o che sono stati allievi dei precedenti Kage; ad esempio Gaara, che è succeduto a suo padre come Kazekage, il Quarto Hokage, addestrato da Jiraiya, allievo del Terzo Hokage, e Tsunade, allieva del Terzo Hokage e nipote del Primo Hokage. Anche naruto un giorno potrà diventare hokage perche è figlio del 4 hokage e allievo di jiraya e di kakashi .
I cinque Kage hanno titoli differenti a seconda del Villaggio di appartenenza. Esistono infatti:
* Hokage (Ombra di Fuoco) leader del Villaggio della Foglia, nel Paese del Fuoco, da Ho (fuoco).
* Mizukage (Ombra d'Acqua) leader del Villaggio della Nebbia, nel Paese dell'Acqua, da Mizu (acqua).
* Tsuchikage (Ombra di Terra) leader del Villaggio della Roccia, nel Paese della Terra, da Tsuchi (terra).
* Raikage (Ombra di Fulmine) leader del Villaggio della Nuvola, nel Paese del Fulmine, da Rai ( fulmine).
* Kazekage (Ombra di Vento) leader del Villaggio della Sabbia, nel Paese del Vento, da Kaze (vento).
* Esiste anche un Kage fittizio, valido solo per gli abitanti del suo villaggio, l'Hoshikage (Ombra della Stella), leader del villaggio della stella
Ninja traditori
I ninja traditori (nukenin) sono degli elementi che hanno abbandonato il loro Villaggio, e possono essere di qualsiasi grado. A causa dei segreti che possono portare con loro, sono continuamente braccati dai ninja inseguitori. Nella serie ne sono comparsi diversi, fra cui Orochimaru, tutti i membri di Alba, Sasuke Uchiha e Zabuza Momochi (ora morto). Alcuni di essi, in particolare i membri di Alba, mantengono il coprifronte del villaggio d'origine, ma segnandolo profondamente con un taglio, ad indicare come essi non appartengano più a quel villaggio.
Squadra Speciale ANBU
La squadra ANBU (lett. lato oscuro) è l'abbreviazione per Ansatsu Senjutsu Tokushu Butai (lett. Forza Tattica Militare Speciale di Assassinio). Il nome è un gioco di parole, in cui i kanji primo e ultimo della frase formano una parola che ha senso anche di per sé. I membri della squadra speciale indossano delle maschere, sia per essere distinti dagli altri ninja che per nascondere la loro identità.
La squadra protegge il Villaggio nelle situazioni eccezionali, portando a termine missioni ad alto rischio in paesi nemici, ed affrontando ninja di livello S. Sono anche responsabili delle richieste di assassinio e delle missioni per cui sono richiesti ninja particolarmente abili. Sembra che tutti i membri della Squadra Speciale portino una spada. L'ANBU è sotto il controllo diretto del Kage. Kakashi Hatake un tempo era capitano della squadra e lo era anche Itachi Uchiha, che divenne capitano all'età di 13 anni. Ibiki Morino è a capo della divisione ANBU responsabile della tortura e dell'interrogatorio. Fra gli attuali affiliati alla ANBU troviamo anche Yamato.
Come i ninja normali, la squadra speciale opera in squadre di quattro elementi. Sono scelti quando sono ancora al livello Chunin, e salgono di grado fino a diventare capitani. Questi ultimi sono allo stesso livello di un Jonin.
Squadra di Polizia della Foglia
La forza di polizia della Foglia (Konoha Keimu Butai) è un'organizzazione di cui un tempo facevano parte i membri del Clan Uchiha, che l'avevano fondata, tuttavia, poiché gli unici sopravvissuti del clan sono attualmente Itachi e Sasuke, ovviamente non è più così. Si occupa di far rispettare la legge nel Villaggio, ed ha una giurisdizione praticamente illimitata. Tuttavia non può interferire nei campi sotto il controllo diretto dell'Hokage. Inoltre non interferiscono all'interno della squadra speciale. Il loro simbolo è simile a quello del clan Uchiha.
