I villaggi ninja svolgono le missioni che vengono richieste da altri villaggi o paesi. Queste missioni possono andare dall’assassinio al recupero di qualche animale scappato. Si distinguono in cinque gruppi che vanno in ordine crescente di pericolosità,compenso e numero e livello dei ninja da impiegare:
Livello A
Sono le missioni eseguite dal rango di Jonin fino al rango Anbu. A volte sono talmente difficili che ci siano poche possibilità di riuscita. In guerra questo tipo di missioni sono difficili quanto le tipo S. Non si vedrà mai un ninja di livello inferiore a Jonin affrontare queste missioni,tranne in casi rari, o in tempo di guerra.
Livello B
Questo tipo di missioni sono meno importanti delle altre, ma anche in queste missioni si rischia la vita. Consistono nel proteggere una persona da alcuni ninja , ritrovare e trasportare un documento importante. Raramente i ninja che eseguono queste missioni sono incaricati di assassinare. Svolgono queste missioni solitamente i Jonin o i Chunin.
Livello C
Sono missioni svolte da Chunin e da Genin abbastanza esperti. In qualsiasi caso i Genin vengono accompagnati dal proprio sensei. Le missioni di tipo C consistono nel proteggere qualcuno da samurai o da briganti,o il trasporto di documenti non molto importanti per un breve tragitto.
Livello D
Queste missioni sono le meno difficili e pericolose, l’unico rango che svolge queste missioni è quello dei Genin. Il loro scopo principale è quello di far accumulare esperienza ai ninja impiegati in esse. Sono missioni molto noiose e poco soddisfacenti, consistono nel ritrovamento di animali domestici,raccolta di rifiuti e lavoretti di poco conto, soprattutto le famiglie benestanti richiedono questo tipo di missioni. Per passare dal rango Genin al rango di Chunin bisogna aver affrontato almeno 8 di queste tipo di missioni.
Livello S
Non si sa quasi niente su questo tipo di missioni ma si presume che siano molto rischiose e difficilissime da portare a termine,con alte possibilità di morire. Probabilmente vengono svolte personalmente dai Kage.
